El período de los treinta años de gobiernos conservadores concluyó con la llamada Revolución Liberal del 11 de julio de 1893, cuando fue derrocado el Presidente Roberto Sacasa y Sarria y ascendieron al poder los liberales encabezados por el Doctor y General José Santos Zelaya López.

 

Zelaya aglutinó a la naciente burguesía criolla en torno a su persona e implantó un régimen dictatorial que le permitió perpetuarse en el poder hasta 1909, haciendo uso del destierro y la represión en contra de sus adversarios. Esto a la postre dio inicio a una etapa de inestabilidad política. No obstante, en términos económicos, durante su gobierno se continuó con el desarrollo del país sufragado por la amplia solvencia y excedentes económicos existentes, permitiéndole a Zelaya ampliar su influencia en Centroamérica.

 

En 1907 a Nicaragua le fue impuesta una guerra por los gobiernos de Honduras y El Salvador. El triunfo de las tropas nicaragüenses sobre un ejército combinado de hondureños y salvadoreños en la llamada Batalla de Namasigüe y la posterior entrada en Tegucigalpa ocasionaron la rendición del general Manuel Bonilla en la isla de Amapala y la caída de su gobierno.

 

Durante la presidencia de Zelaya se promulgo una nueva Constitución conocida como La Libérrima que declaraba el estado laico (separación entre el Estado y la Iglesia católica), la obligatoriedad de la educación primaria, la secularización de los cementerios y la despenalización del aborto, entre otras medidas consideradas como avanzadas para su época. Otro logro importante fue la fundación de la primera Academia Militar de Nicaragua, fundada el 11 de julio de 1904, que contó entre sus organizadores e instructores a militares provenientes de Alemania y Chile. Entre estos se destacó el coronel Carlos Uebersezig, quien se desempeñó en el cargo de instructor hasta 1909. Otros alemanes fueron los coroneles Carlos Von Grafenhvost y Enrique Berew. Entre los chilenos estaban Joaquín Ortiz y Erwin Keife.